ImageJ

ImageJ是一个基于 java 的公共的图像处理软件，它是由 National Institutes of Health（NIH）开发的一款功能强大的免费软件，在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

链接：https://imagej.nih.gov/ij/

IMOD

IMOD是一款由美国科罗拉多大学（University of Colorado）开发的用于透射电子显微镜三维重构的开源软件。该软件功能强大，可以胜任包括reconstruction (重构)，segmentation （分割）和　visualization（可视化）等在内的工作。

链接：https://bio3d.colorado.edu/imod/

Vaa3D

Vaa3D（“挖三维”）是一款免费的可视化和分析软件套件，主要由Hanchuan Peng及其团队开发。该软件可对图像数据执行3D、4D和5D的渲染和分析，特别提供了针对各种现代显微镜方法生成的图像数据以及相关的3D表面结构的可视化和分析功能。
　链接：http://home.penglab.com/proj/vaa3d/Vaa3D/About_ Vaa3D.html

Fit2D

     Fit2D是由欧洲同步辐射光源（European Synchrotron Radiation Facility, ESRF）牵头开发的可用于一维及二维X射线散射数据处理的免费软件。

链接：http://www.esrf.eu/computing/scientific/FIT2D

K3DSurf

     K3DSurf  是一款用于建立三维及多维图形的构筑和可视化的开源软件。该软件可以通过函数生成相应的三维结构。

链接：http://k3dsurf.sourceforge.net/